訪(fǎng)問(wèn)鏈接：https://drugspacex.simm.ac.cn/queries/
在創(chuàng )新藥物研發(fā)中，一個(gè)核心問(wèn)題是如何快速發(fā)現具有理想生物學(xué)特性的新化學(xué)實(shí)體。如果將尋找藥物新化學(xué)實(shí)體看做數據科學(xué)中的采樣問(wèn)題，那在已知藥物結構所代表的數據點(diǎn)附近進(jìn)行采樣無(wú)疑是獲得類(lèi)藥分子結構的高效策略之一。
近日，中國科學(xué)院上海藥物研究所蔣華良、鄭明月課題組從已批準上市藥物出發(fā)，采用電子等排體和化學(xué)反應轉化規則構建了成藥性拓展空間數據庫DrugSpaceX (https://drugspacex.simm.ac.cn/)。
目前版本的DrugSpaceX包含超過(guò)1億種可用于虛擬篩選的新分子結構，且在類(lèi)藥性、可合成性和三維化學(xué)多樣性空間覆蓋率方面均具有突出的特點(diǎn)，為開(kāi)展虛擬篩選和藥物分子設計提供了高質(zhì)量的資源。此外，DrugSpaceX還提供了幾個(gè)規模較小的子集，包括10％多樣性子集，擴展的類(lèi)藥性子集，類(lèi)藥性子集，先導化合物子集和片段子集等，可供用戶(hù)免費下載使用。
除了幫助藥物化學(xué)家能夠進(jìn)行快速的骨架躍遷和分子設計， DrugSpacesX為我們提供了一種高效探索類(lèi)藥化學(xué)空間的思路。可以發(fā)現，通過(guò)將專(zhuān)家知識和人工智能相互融合，我們可以在巨大的虛擬化學(xué)空間中更容易地找到具有理想生物效應的目標化合物。DrugSpaceX也可以與VirtualFlow等虛擬篩選平臺結合使用，通過(guò)擴大初始篩選規模和提高篩選庫質(zhì)量?jì)煞矫鎭?lái)進(jìn)一步提升效率。目前，研發(fā)團隊還在對DrugSpaceX進(jìn)行擴充和完善，期待后續可以推出功能更為強大的版本。
參考資料：
DrugSpaceX: a large screenable and synthetically tractable database extending drug space
https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkaa920/5940503
蔣華良/鄭明月團隊發(fā)布成藥性拓展空間數據庫 (DrugSpaceX)
https://mp.weixin.qq.com/s/S07nO1TEc39So2vdJUBg3A
擴展內容：
GDB數據庫
The Chemical Space Project
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/ar500432k
Enumeration of 166 Billion Organic Small Molecules in the Chemical Universe Database GDB-17
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/ci300415d
Download Chemical Databases
https://gdb.unibe.ch/downloads/
TIN數據庫
TIN ? A Combinatorial Compound Collection of Synthetically Feasible Multicomponent Synthesis Products
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/ci100443x
ZINClick數據庫
ZINClick: A Database of 16 Million Novel, Patentable, and Readily Synthesizable 1,4-Disubstituted Triazoles
https://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/ci400529h
ZINClick v.18: Expanding Chemical Space of 1,2,3-Triazoles
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jcim.8b00615
ZINClick
SCUBIDOO數據庫
SCUBIDOO: A Large yet Screenable and Easily Searchable Database of Computationally Created Chemical Compounds Optimized toward High Likelihood of Synthetic Tractability
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jcim.5b00203
SCUBIDOO - Screenable Chemical Universe Based on Intuitive Data OrganizatiOn
http://scubidoo.pharmazie.uni-marburg.de/
Virtual Flow-Real Library
An open-source drug discovery platform enables ultra-large virtual screens
https://www.nature.com/articles/s41586-020-2117-z
REAL Library | Virtual Flow
https://virtual-flow.org/real-library
VirtualFlow · GitHub
https://github.com/VirtualFlow
如有問(wèn)題，可聯(lián)系：
資源建設部: 葛老師 025-86185504 getao@cpu.edu.cn
