訪(fǎng)問(wèn)鏈接：https://portals.broadinstitute.org/ccle

數據庫簡(jiǎn)介：

為了深入并準確地刻畫(huà)癌細胞系的遺傳特征，來(lái)自美國Broad研究所、Dana-Farber癌癥研究所和Novartis生物醫學(xué)研究所的多個(gè)課題組于2012年合作完成了“癌細胞系百科全書(shū)”（Cancer Cell LineEncyclopedia, CCLE）計劃，對覆蓋三十多種組織來(lái)源的947種人類(lèi)癌細胞系進(jìn)行了大規模深度測序，整合了DNA突變、基因表達和染色體拷貝數等遺傳信息。該數據庫在向公眾開(kāi)放的七年時(shí)間里，已經(jīng)成為癌癥基因組學(xué)的標準參考數據庫之一：原始論文迄今已被引用約3500次，而僅在2017年9月至今的19個(gè)月里就有來(lái)自全世界129個(gè)國家的88000名用戶(hù)訪(fǎng)問(wèn)了該數據庫。

隨著(zhù)多組學(xué)測序技術(shù)和癌癥精準醫學(xué)向縱深發(fā)展，CCLE數據庫也不斷在癌細胞系數量和測序信息維度等方向上進(jìn)行著(zhù)更新。2019年5月9日，CCLE項目組在Nature上發(fā)表長(cháng)文Next-generation characterization ofthe Cancer Cell Line Encyclopedia，報道了癌細胞系百科全書(shū)的重大更新。

在之前已有的DNA突變、基因表達和染色體拷貝數信息之外，CCLE項目人員對1000余種癌細胞系做了以下幾個(gè)方面的全新大規模分析（下圖）：

1）對899種癌細胞系的213類(lèi)蛋白質(zhì)進(jìn)行了基于反向蛋白質(zhì)陣列（reverse-phase protein array, RPPA）的定量分析；

2）對1019種癌細胞系進(jìn)行了基于深度RNA測序（RNA-sequencing）的基因表達和可變剪切定量分析；

3）對326種癌細胞系進(jìn)行了全外顯子測序（whole-exomesequencing, WES）和對329種癌細胞系進(jìn)行了全基因組測序（whole-genome sequencing）；

4）對843種癌細胞系進(jìn)行了基于簡(jiǎn)化重亞硫酸鹽測序（reduced representation bisulfide sequencing, RRBS）的啟動(dòng)子甲基化水平定量分析；

5）對954種癌細胞系進(jìn)行了miRNA表達定量分析；

6）對897種癌細胞系進(jìn)行了組蛋白修飾水平定量分析；

7）對928種癌細胞系的225類(lèi)代謝物進(jìn)行了定量分析。

參考資料：

專(zhuān)家點(diǎn)評Nature | 第二版“癌細胞系百科全書(shū)”正式發(fā)布

https://zhuanlan.zhihu.com/p/67373805

Next-generation characterization of the Cancer Cell Line Encyclopedia

https://www.nature.com/articles/s41586-019-1186-3

The Cancer Cell Line Encyclopedia enables predictive modelling of anticancer drug sensitivity

https://www.nature.com/articles/nature11003

如有問(wèn)題，可聯(lián)系：

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