HuRI人類(lèi)蛋白互作組數據庫

發(fā)布者：發(fā)布時(shí)間：2020-04-10瀏覽次數：3731

訪(fǎng)問(wèn)鏈接：http://www.interactome-atlas.org/

數據庫簡(jiǎn)介：

2020年4月8日，頂尖學(xué)術(shù)期刊《自然》發(fā)表了一篇重要論文：一支大型跨國科研團隊發(fā)表了人類(lèi)迄今為止規模最大的蛋白互作組數據（The Human Reference Interactome and Literature Benchmark，HuRI），其規模是先前數據的4倍。這份蛋白互作組數據包含了約53000種不同的蛋白互作信息，涉及超過(guò)8000種蛋白質(zhì)，無(wú)論是對理解基礎的生物學(xué)進(jìn)程，還是對理解疾病的發(fā)生，都有著(zhù)極為重要的意義。

人體由數十億個(gè)細胞組成，每個(gè)細胞都具有復雜的生命活動(dòng)，這大部分是由蛋白質(zhì)的相互作用來(lái)實(shí)現的。此前的人類(lèi)基因組計劃為我們提供了生命運行的基礎藍圖，但是只有理解了這些單個(gè)的分子是如何交互的，我們才真正理解了生命的運作方式，才能破解生理和疾病的奧秘。

人類(lèi)基因組編碼的蛋白質(zhì)超過(guò)兩萬(wàn)個(gè)。目前為止，系統地在正常的生理和病理細胞環(huán)境下識別內源性蛋白-蛋白相互作用（PPIs）還是一件不可能的事情，科學(xué)家們也是想出了一些替代的方法來(lái)做研究。

目前普遍采用的方法，比如在永生細胞中表達外源蛋白，或者在細胞模型中檢測蛋白相互作用，這已經(jīng)帶來(lái)了一些常見(jiàn)功能蛋白的相互作用圖譜。本次研究使用的是酵母雙雜交法（Y2H），簡(jiǎn)單來(lái)說(shuō)就是把要測試的蛋白兩兩組合在酵母中表達，如果這兩種蛋白能夠產(chǎn)生相互作用，就能夠啟動(dòng)酵母的特殊分子開(kāi)關(guān)，驅使酵母生長(cháng)。這樣只要看酵母的生長(cháng)狀況，就能夠確定可以產(chǎn)生相互作用的蛋白組合了。從這些實(shí)驗的結果中，研究人員們找到了約53000個(gè)比較可信的蛋白互作，涉及到了8000多個(gè)不同的蛋白質(zhì)。值得注意的是，其中大部分都是從未被發(fā)現的新型相互作用。

從HuRI中我們可以發(fā)現前所未知的蛋白質(zhì)相互作用，并且具有相似交互的蛋白質(zhì)可能也具有類(lèi)似的功能，HuRI就成為我們發(fā)現新蛋白功能的一種有效工具。蛋白相互作用的信息，可以讓我們推測出關(guān)于蛋白功能的一些信息——如果兩個(gè)不同的蛋白質(zhì)都與類(lèi)似的蛋白進(jìn)行結合，那么它們就可能有類(lèi)似的生物學(xué)功能。如果將蛋白互作組數據和組織特異的基因表達數據聯(lián)合起來(lái)看，還能發(fā)現在不同組織的發(fā)育和維持過(guò)程中，所需要的蛋白網(wǎng)絡(luò )。我們也可以知道那些發(fā)生突變的蛋白會(huì )如何影響其作用的網(wǎng)絡(luò )，從而導致疾病。在這些網(wǎng)絡(luò )里，我們還可以找到不少治療疾病的潛在靶點(diǎn)。

Data availability

HuRI, Lit-BM and all previously published human interactome maps from CCSB are available at http://interactome-atlas.org

The PPI data from this publication are also available through IntAct with the identifier IM-25472.（編者注：IntAct https://www.ebi.ac.uk/intact/是一個(gè)開(kāi)源的、開(kāi)放數據的分子相互作用數據庫，由來(lái)自文獻精選的或直接來(lái)自數據倉庫的數據組成）

All HuRI-related networks from this study are available at NDExbio.org. https://tinyurl.com/networks-HuRI-paper

The raw and analysed proteomic data have been deposited in the PRIDE repository with the accession number PXD012321. https://www.ebi.ac.uk/pride/

Code availability

Analysis code is available at https://github.com/CCSB-DFCI/HuRI_paper.

參考資料：

今日《自然》重磅：迄今最大規模人類(lèi)蛋白互作組誕生

《自然》重磅：歷時(shí)十年，超30億次檢測，迄今最大規模人類(lèi)蛋白互作組誕生

A reference map of the human binary protein interactome | Nature

https://www.nature.com/articles/s41586-020-2188-x

A reference map of the human binary protein interactome.pdf